С 1 октября 2023 года изменен порядок погашения совокупной налоговой обязанности по ЕНС:

1. Сначала списывается недоимка по НДФЛ с наиболее раннего периода;
2. Зачет НДФЛ осуществляется при уведомлении о сумме, удержанной налоговым агентом;
3. Обязанность по страховым взносам погашается после получения уведомления о их сумме;
4. Затем списывается долг по другим налогам с раннего периода;
5. Наконец, погашаются все остальные налоги, а после — пени и штрафы.

Средства ЕНС могут быть зарезервированы для будущих платежей. При заявлении, налоговый орган переносит средства из резерва в сальдо ЕНС. Отмена зачёта происходит в порядке: сначала зарезервированные платежи, при равенстве сроков — меньшие суммы.